Zgodnie z wytycznymi Europejskiej Grupy Przeszczepiania Szpiku do przeszczepienia komórek macierzystych (pochodzenia auto- lub allogenicznego) są kwalifikowani chorzy z następującymi rorozpoznaniami:

* Ostre białaczki
* Przewlekła białaczka szpikowa i inne zespoły mieloproliferacyjne
* Zespoły mielodysplastyczne
* Chłoniaki
* Ziarnica złośliwa
* Anemie:
- Anemia Fanconiego
- Anemia aplastyczna
* Nocna napadowa hemoglobinuria
* Wrodzone niedobory odpornościowe i choroby metaboliczne
* Ciężkie schorzenia autoimmunologiczne
* Guzy lite
- Drobnokomórkowy rak płuca (SCLC)
- Rak jajnika
- Rak jadra
- Rak sutka

Źródło: http://www.szpik.info/index.php?option=com_content&task=view&id=64&Itemid=75